تدور أحداث القصة في مدينة مثالية “NO.6″ في عام 2013 تم الحكم على -شيون- بأنه “أعلى مرتبة الاستخبارات” عندما كان عمره سنتين ، و كان يسمح له بالعيش في منطقة فخمة ”كرونوس”.

في عيد ميلاده الثاني عشر ، التقى صبيا جميلا يسمى ”نيزومي” الذي هرب من الإصلاحيه.قام شيون بحمايته ، ولكن مكتب الأمن العام قاموا بحرمه من جميع الامتيازات وطردته من كرونوس الى “المدينة المفقودة”.

بعد أربع سنوات من النفي، حدث حادث غامض يقود شيون لسر المدينة NO.6