تدور أحداث القصة حول النينجا المراهق ناروتو أوزوماكي الذي وجد نفسه منبوذا من قبل سكان قريته بسبب الكيوبي الذي بداخله. لذلك وضع نصب عينيه أن ينال لقب الهوكاجي، وهو اللقب الذي يطلق على قائد القرية أي أقوى نينجا فيها، ليجبر الجميع على الاعتراف به ومنحه الاحترام الذي يستحقه.